2003년 3월 참여정부는 서동구 KBS사장 임명 사태로 한차례 홍역을 치러야 했다. KBS노조가 서 사장의 노무현 대통령후보 언론고문 이력과 KBS이사회 임명제청 과정의 외압설을 문제 삼으면서 논란이 시작됐다. 이런 점에서 서 사장은 공공성을 최우선으로 삼아야 할 KBS의 수장으로서 매우 부적절하다는 게 노조와 시민단체 등의 지적이었다. 결국 여론의 뭇매를 견디지 못한 서 사장은 사의를 표명했고, 청와대는 임명 9일만에 사표를 수리해야 했다.
당시 노무현 대통령은 "KBS사장의 경우 법적으로 대통령이 제청을 거부할 수 있으나 거부하지 않는 게 좋다. 사후 임명권을 행사하는 것보다 사전에 추천과정을 통해 의사표시를 하는 게 적절하다"고 말해 논란의 불을 지폈다. 이사회의 임명제청은 형식적일 뿐 대통령이 KBS사장을 사전 낙점해야 한다는 주장이나 다름 없었기 때문이다. 당시 대다수 언론과 시민단체는 "공영방송의 독립성을 위협할 수 있는 부적절한 발언"이라고 일제히 비판했다.
노 대통령은 당시 KBS사장 임명권한은 해임권한까지 포함하고 있다는 입장이었던 것으로 알려져 있다. KBS사장 임명과 해임에 대한 대통령의 권한을 강조하는 이명박 정부의 인식과 별반 다르지 않았던 셈이다.
그러나 공영방송의 가치 존중과 공영방송 운영 등에 대한 접근방법에선 달라도 너무 다르다는 평가가 엄존한다. 서 사장 사퇴 이후 임명된 정연주 사장은 친노 인사라는 점에서 낙하산 논란을 불러일으켰지만 임명과정은 별다른 지적을 받지 않았다. 공영방송의 독립성 보장을 위한 최소한의 형식적인 원칙은 지켜졌던 셈이다.
반면 박재완 청와대 국정기획수석의 'KBS는 정부산하기관' 발언 등은 KBS차기 사장 선임건이 아직 수면에 떠오르지도 않은 상황에서 공영방송의 존립 근거와 가치를 훼손시키고 있다는 비판을 야기하고 있다. 김신동 한림대 언론정보학부 교수는 "정치적 목적이나 정치적 결탁에 의한 낙하산식 인사 관행은 어느 정권을 막론하고 없어져야 한다"며 "특히 최근 사장 진퇴와 관련한 정부ㆍ여당의 KBS에 대한 인식은 공영방송이 아닌 국영방송을 대하는 것에 가까워 상당히 우려된다"고 꼬집었다.
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